שאלה זו עלתה לכותרות לאחרונה בעקבות תביעתה של 'החברה להגנת הטבע' לבטל את האישור שניתן להקים פנימייה ומרכז כנסים באתר. כך דווח השבוע ב 'ידיעות אחרונות'.

שמורת נאות קדומים משתרעת על שטח  בן 2,200 דונם, ובשנים האחרונות נערכים בה אירועים פרטיים, והמקום משווק כגן אירועים בלב הטבע. בית המשפט קבע שגן האירועים פועל במקום ללא היתר, והורה לו להפסיק את פעילותו ואף להרוס חלקים ממנו. מועצת חבל מודיעין, שבשטח שיפוטה פועל האתר, לא ביצעה את ההריסה בטענה כי כאשר נציגיה הגיעו למקום נמצא כי גן האירועים לא פעיל. יצויין כי לפני מספר שנים ביקשו יזמים לבנות בשטח נאות קדומים כפר נופש הכולל 400 יחידות אירוח ומרכז כנסים, אך הוועדה המחוזית דחתה את התוכנית לאחר שהוגשה לה חוות דעת מטעם הגורמים הירוקים. כעת התירה ועדת התכנון המקומית להקים במקום פנימייה, מרכז מבקרים, מרכז כנסים, ואוהל כינוסים, אך 'החברה להגנת הטבע', כאמור, ערערה על ההחלטה. מנאות קדומים נמסר בתגובה: "באתר נערכים אירועים משפחתיים. בעניין תוכנית הבינוי החדשה, זו תואמת את הצרכים החינוכיים של האתר ושונה מהותית מהתוכנית שנדחתה, שכן היקף הבנייה בה צומצם לכדי מחצית